一開始琴酒是不知道的，因為除了工藤新一（柯南）以外，其他人喂完藥都是直接死亡的。後來宮野志保發現工藤新一（柯南）小時候的衣服不見了，為了保護工藤新一擅自修改資料（把工藤新一的死亡訊息從不明改為確認死亡）後來被琴酒發現，差點被處死。之後琴酒就知道了。

這個問題在動畫第一集的時候就有說過，當時琴酒擊倒工藤新一後拿出aptx4896就提到，這是組織新開發的毒藥，能殺人於無形並且檢測不出毒素，可以知道琴酒知道這是毒藥，但並不清楚這個藥在偶然情況下會使人身體產生退化，以琴酒謹慎的行事風格，自然不會採取這種明知道有一定機率使人不死的藥去殺人。

知道這個藥有退化作用的也只有研製這個藥品的宮野志保，在《Episode ONE 變小的名偵探》裡也曾出現實驗白鼠產生退化的現象，並且在後續進入工藤新一家調查的時候也發現了這個事實。琴酒不知道的原因是宮野志保並沒有把這個事彙報給組織，所以琴酒一直以為工藤新一早就死了。

可以試想一下，如果琴酒知道柯南就是工藤新一，早派人潛入阿笠博士家裡把博士和柯南都殺了，這種方式才是最保險的，在當初琴酒懷疑毛利小五郎的時候，馬上就組織人手想殺掉毛利小五郎，琴酒那麼久都沒有動手，只能說明他真的不知道這事。

貝爾摩得是知道的，但她對組織不忠誠，也沒有跟琴酒說過。