1、京九線經過的站點有（由北到南排序）：

（1）北京西站

（2）衡水站

（3）聊城站

（4）菏澤站

（5）商丘北站

（6）商丘南站

（7）阜陽站

（8）潢川站

（9）麻城站

（10）黃州站

（11）九江站

（12）南昌站

（13）吉安站

（14）贛州站

（15）龍川北站

（16）龍川站

（17）河源站

（18）惠州站

（19）東莞東站

（20）樟木頭站

（21）平湖站

（22）深圳東站

（23）深圳站

（24）羅湖站

（25）上水站

（26）粉嶺站

（27）太和站

（28）大埔墟站

（29）學站

（30）火炭站

（31）沙田站

（32）大圍站

（33）九龍塘站

（34）旺角東站

（35）紅磡站（九龍）