1. 全身表現--全身感染多見於新生兒，往往系弓形蟲迅速在各臟器繁殖，直接破壞被寄生的細胞，常見有發熱、貧血、嘔吐、紫紺、水腫、斑丘疹、體腔積液、肝脾腫大、黃疸、心肌炎、淋巴結腫大。往往可迅速死亡。所謂新生兒弓形蟲綜合徵的主要表現為貧血、黃疸、肝脾腫大。

2. 中樞神經系表現--腦積水、腦鈣化和各種腦畸形為主要症狀。表現為腦膜腦炎、腦炎或腦膜炎。常見抽搐、肢體強直、顱神經癱瘓、運動和意識障礙。腦脊液呈黃色，淋巴細胞和蛋白可增加。晚期在病灶中心發生腦鈣經。個別病例腦部壞死組織的碎屑脫落，進入側腦室，隨腦脊液迴圈，使大腦導水管阻塞，或大腦導水管壁上發生病變，均可產生阻塞性腦積水。如病變侷限可引起癲癇。可在發病幾天或幾週中死亡。如能好轉，常遺留有抽搐、智力不足、脈絡膜視網膜炎等後遺症。

3. 眼部病變--發生眼球病變者較為多見，首先發生在視網膜，偶爾整個眼球被侵犯，以致眼球變小，畸形及失明。一般發生在兩側眼球。 隱匿型先天性弓形蟲病亦較常見，約佔80％，出生時可無症狀，但在神經系統或脈絡膜視網膜有弓形蟲包囊寄生，而至數月、數年或至成人才出現神經系統或脈絡膜視網膜炎症狀。