1、營養價值不同

多肽：牛乳中的酪蛋白具有較強的抗變異能力，能減少癌變。。

其次，乳中必需氨基酸的量與人類所需的最適氨基酸量關係十分密切。因此，乳蛋白質最好的應用可作為植物性蛋白質的補充，從而發揮其富含必需氨基酸的優點，強化混合食品的營養價值。

寡肽：乳清中富含半胱氨酸和蛋氨酸，它們能維持人體內抗氧化劑的水平。

其次，乳清蛋白中脂肪、乳糖含量低，但它含有β-乳球蛋白、α-乳白蛋白、免疫球蛋白，還有其他多種活性成分。正是這些活性成分使乳清蛋白具備了有益於人體的諸多保健功能。

2、形成途徑不同

多肽： 乳中蛋白質的形成主要是經兩個途經，一個途徑是由血清蛋白轉移而來。另一途徑是由乳腺上皮細胞從血清中吸收的氨基酸和葡萄糖轉化的氨基酸合成而來。

寡肽：美國早在1990年採用離子交換法從乳清中分離乳清蛋白。

生物選擇吸附、親和色譜提純法及反相膠束萃取法等都是開發的新的分離乳清蛋白成分的方法。

3、生理功能不同

多肽：調節機體免疫功能、抗氧化作用、調節鐵離子的吸收。

寡肽：延緩或者構築肌肉、延緩疲勞的產生、保護免疫細胞功能。