艾灸本身是一種純天然的自然療法，艾灸本身是不會產生任何副作用的。艾灸產生副作用可能是錯誤的判斷了體質或者施灸錯誤導致的。 艾灸可以補充人體正氣，艾灸為身體補充陽氣，尤其適用於陽虛體質。

1上火

眾所周知，艾灸是以發熱為主的治療方法，當體內火氣積累到一定程度之後，長時間艾灸則必然導致火氣過剩，而實證和熱證患者，如口舌生瘡、大便乾結、小便短黃、發熱等就更不應該艾灸，這隻會加重病情。

2損傷面板

無論是傳統艾條以及現代艾灸儀，都不應該長時間艾灸。其中艾條溫度很高，會燙傷面板，所以艾灸時要注意艾條等艾灸材料與面板的距離，不能離面板太近。另外，在艾灸過程中，要避免艾條等艾灸材料的灰掉到身體上以免燙傷面板。

3頭暈胸悶

由於每個人的情況不同，因此產生灸感的時間、具體感受也會不同，有些人在艾灸之後頭暈、胸悶，這是由於血液流通加快，血管膨脹，繼而導致艾灸時產生的熱量傳導和擴散。此時應先暫停，等身體平靜之後再繼續施灸。總而言之，要讓身體有一個循序漸進的過程。