雖然巴西龜是最容易養，也最不挑剔的水族箱養殖動物，但是有一個缺點：它們排洩太快大多，加上溫度高，剩餘的飼料容易腐敗，所以水總是發臭。才換過水兩天，又變成一池渾湯，連巴西龜都幾乎看不見了，這是因為單胞藻繁殖的緣故，水中養份充足、溫度合宜，綠藻養繁殖極速。

若干實驗試圖以化學物質保持池水澄清，但效果並不理想。用CHlNOSOL (一公克對三十公升水) 雖可使水維持一星期澄清、不發臭，但被龜攪動起來的碎屑和腐敗的糞便即使水質更髒。巴西龜長期生活在這種水質中，是否有害大腸菌還沒有定論，而這種有化學藥物的水是否有傷及動物內臟器官也沒有把握，所以最好還是不用化學藥物。

最簡單的辦法是完全換水。餵食後四小時把舊有髒水放掉、抽掉、倒掉。然後以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。清洗時先把巴西龜放到一個塑膠盆裡或池畔的陸地上–當然是跑不掉的地方。注入溫度適宜的清水後再把龜放回水中。

有些種類的沼澤龜或水龜不太能適應完全換清水，但巴西龜不久便能習慣於這種作法和給它帶來的干擾。完全換水仍有一個缺點二會誘使彩龜加速排盡腸中糞便，把剛換過的水又弄髒了，所以最好在換水後不久察看一下養殖箱(池)，把糞便清除。