主要原因體現在以下幾個方面：

（1）世代週期短：每個世代以min或h計算,繁殖速度快,大大縮短了實驗週期.

（2）易於管理和進行化學分析： 個體小,繁殖方便,可以大量節省人力、物力和財力；且代謝旺盛,繁殖又快,累積大量的代謝產物.

（3）便於研究基因的突變： 細菌和病毒均屬於單倍體,所有突變都能立即表現出來,不存在顯性掩蓋隱性的問題.

（4）便於研究基因的作用 ：透過基本培養基和選擇培養基的影印培養,很容易篩選出營養缺陷型,利於生化[研究.

（5）便於基因重組的研究： 透過細菌的轉化、轉導和接合作用,在一支試管中可以產生遺傳性狀不相同的後代.

（6）便於用於研究基因結構、功能及調控機制的材料 ：細菌和病毒的遺傳物質簡單,基因定位和結構分析等易於進行且可用生理生化方法進行基因的表達和調控分析.

（7）便於進行遺傳操作： 細菌質粒和病毒作為載體,已成為高等生物的分子遺傳學研究和生物工程的重要工具.