就飾品而言瑪瑙比水晶要好，但是二者從化學角度看是共生關係。

水晶是一種單晶體的寶石，已壞水晶就是一個單一的晶體，有二氧化矽組成；瑪瑙則屬於多晶質集合體寶石，如果把瑪瑙放到顯微鏡下你就會發現它實際上是由無數未下的二氧化矽類晶體組成的，你也可以想象成瑪瑙是無數細小的水晶組成的，所以瑪瑙往往是半透明的，為水晶一般都是透明的。由於化學成分相同，水晶和瑪瑙往往會以共生關係出現。

水晶是一種無色透明的大型石英結晶體礦物。它的主要化學成份是二氧化矽，跟普通砂子是“同出孃胎”的一種物質。當二氧化矽結晶完美時就是水晶；二氧化矽膠化脫水後就是瑪瑙；二氧化矽含水的膠體凝固後就成為蛋白石；二氧化矽晶粒小於幾微米時，就組成玉髓、燧石、次生石英岩。

瑪瑙化學成分為SiO2；可含有Fe Al Ti Mn V等元素，呈現出各種顏色，呈同心圓狀和規則的條帶狀，可分為纏絲瑪瑙，條紋瑪瑙，苔紋瑪瑙，火瑪瑙，縞瑪瑙等。其中紅瑪瑙是各色瑪瑙的上品，故在《格古要論》中有“瑪瑙無紅一世窮”之說。