EVA的最終結局是:透過零波和麗麗斯的融合最終完成了人類補完計劃,全世界的人類除了待在EVA裡的真嗣和明日香以外全都變成了液體,不過在變成液體前都見到了自己最喜歡的人的幻像.而活下來的真嗣和明日香成為了新的亞當和夏娃故事的收尾就在最後的使徒渚燻被打倒時，也宣告著SEELE和碇元度變成完全的敵對關係．雙方開始爭奪生命之樹，而SEELE也決心不惜一切代價消滅碇元度所掌握的駕駛員．不過在美里的努力下，SEELE想要阻止真治搭乘初號機的計劃沒有實現．當真治所在的EVA初號機再生命之樹的十字架上被隆基努斯之槍處刑時，初號機上的真治也作為神之子到達了生命之樹，獲得生命之果和智慧之果之後的真治，成為了神一般的存在，擁有可以決定人類未來的力量．但是，綾波麗（聖靈）由於碇真治（聖子）的恐怖與孤獨的呼喊而成為了母神（LILITH），拒絕了同父親元度（聖父）的融合，以全部生命回到母體的方式，讓元度的計劃破產．活下來的真嗣和明日香成為了新的亞當和夏娃,明日香欠缺的母性也得到了補完，這就是EVA的完美結局．