如何使用miranda進行mirna進行靶基因預測
目前更先進的方法是透過紫外線照射以交聯複合物，然後開展深度測序以鑑定發現的RNA，這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結合位點的假陽性預測率，並且縮小miRNA結合位點的空間範圍，可在全基因組範圍內鑑定AGO蛋白與不同RNA上的結合。
Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協助鑑定細胞中的miRNA靶點。這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標結合，但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC複合物中，並“鎖定”miRNA-目標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標籤有助於整個Ago/RISC複合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其目標的免疫沉澱，從而透過新一代測序或定量PCR來鑑定或定量。
如何使用miranda進行mirna進行靶基因預測
目前更先進的方法是透過紫外線照射以交聯複合物，然後開展深度測序以鑑定發現的RNA，這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結合位點的假陽性預測率，並且縮小miRNA結合位點的空間範圍，可在全基因組範圍內鑑定AGO蛋白與不同RNA上的結合。
Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協助鑑定細胞中的miRNA靶點。這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標結合，但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC複合物中，並“鎖定”miRNA-目標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標籤有助於整個Ago/RISC複合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其目標的免疫沉澱，從而透過新一代測序或定量PCR來鑑定或定量。