是的,但中間出現過一次皇統轉換

後醍醐天皇利用朱子學的影響聯合武士階級推翻鎌倉幕府後,因為政策反動而引起人民不滿。足利尊氏趁機反叛朝廷,攻入京都建立室町幕府。後醍醐天皇逃往吉野,史稱為南朝。足利尊氏在京都擁立另一位天皇,史稱北朝。

北朝皇統是天皇家族中的持明院統,南朝則是傳統正統的大覺寺統。南北兩朝經過長時間的對峙和拉鋸後以南朝失敗告終。在南朝投降時曾要求天皇皇統輪流把持,但最終皇統還是從傳統的大覺寺統換成了持明院統。

88代天皇后嵯峨天皇,喜歡他的第二皇子龜山也就是後來的龜山天皇,而不喜歡他的第一個兒子也就是89代天皇-後深草天皇,在世時主持冊立世仁親王(龜山天皇的兒子也就是第91代天皇后宇多天皇)為太子。

龜山天皇在兄長後深草天皇因病讓位以後馬上就即位。其父後嵯峨死後,與兄長就皇位繼承問題產生紛爭。在鎌倉幕府的支援下,龜山天皇讓位於皇子世仁親王(後宇多天皇),開始院政。龜山天皇一系的皇統被稱為大覺寺統,後深草天皇一系的就叫持明院統。