馬琳於2013年12月7日正式宣佈退出中國國家乒乓球隊，退役後的馬琳任廣東乒乓球管理中心主任，併兼任廣東乒乓球總教練，接替了原來喬紅的職務，後期由於家庭原因，妻子在北京，他還是想競聘國家對教練。

於是，馬琳的機會來了，2017年3月30日與31日中國乒乓球隊在遼寧鞍山召開教練員競聘會議，馬琳參加競聘，併成功應聘，正式成為中國乒乓球隊教練員，同樣，王皓也如願成為男一隊教練。

然而，好景不長！！！去年劉國樑卸任國乒總教練後，國乒男隊主力及教練馬琳、秦志戩等人集體聲援。此事件之後，馬琳和秦志戩的國乒教練生涯是一個謎。

國乒代理總教練吳敬平透漏訊息說，兩人將要離開國乒回到地方就職，由劉國正或者王皓接任國乒新的組長。今年的團體世界盃上，劉國正帶隊中國隊，算是上級的一次考驗。馬琳從此沒有露面，估計是回地方去了。

馬琳的職業生涯非常輝煌，他共獲得四屆乒乓球世界盃冠軍，也是第一個蟬聯世界盃的人，被贊為世界盃先生，他職業生涯共獲得18個世界冠軍。

2013年馬琳正式宣佈退役，退役之後擔任廣東省乒羽中心主任和乒乓球總教練。

2017年3月開始，擔任國家乒乓球隊教練。