破傷風的病原體為破傷風梭菌，這是一種厭氧菌，廣泛分佈於土壤及環境、人及動物糞便中。破傷風梭菌透過面板黏膜破口進入人體是致病的基本病因。

破傷風梭菌產生兩種毒素：溶血素和痙攣毒素，毒素主要經區域性神經細胞擴散，也可經淋巴細胞、血液到達中樞神經系統而致病。痙攣毒素是目前為止“最毒”的毒素之一，也是破傷風梭菌致病的主要因素。

破傷風痙攣毒素抑制中樞神經系統釋放肌肉舒張的神經遞質，使全身骨骼肌肌肉的興奮性增強，導致肌肉出現強烈痙攣。因肌肉痙攣導致人體運功和器官功能失調，從而造成嚴重症狀。

破傷風梭菌在一般淺表的傷口不易生長，其感染的重要條件是區域性形成“厭氧微環境”，以下因素會增加感染破傷風梭菌的風險：

傷口被泥土、糞便、痰液汙染；

釘子或針造成的穿刺傷；

燒燙傷、擠壓傷、煙花爆竹炸傷等；

開放性骨折；

動物或昆蟲咬傷；

慢性鼻竇炎、中耳炎、口腔感染、肛旁膿腫等；

新生兒臍帶感染；

異物殘留在體內，如釘子或碎片