從目前現有的資料來看，似乎企鵝的祖先是不會飛的。1887年，孟茲比爾提出過一個理論，他認為企鵝有可能是獨立於其他鳥類，單獨從爬行類演變進化而來。可能企鵝的鰭翅是由爬行動物的前肢演化而來的，而不鳥類的是翅膀。所以他覺得企鵝根本就沒有過飛行的經歷。後來，科學家們在南極發現了一種類似企鵝的動物化石，它高約1米、體重有9千克，具有兩棲動物的特徵。這個發現似乎印證了孟茲比爾的猜測。有人認為1981年，在日本發現的一種類似企鵝的海鳥化石，可能就是現在的企鵝的祖先。

近年，鳥類學家經過對北半球海鴉化石構造的研究之後提出，企鵝的起源可能與距今3000萬年前在美洲沿岸生活的一種海鴉關係密切。這種已滅絕了的海鴉也是一種不會飛行的海鳥。科學家們認為，儘管企鵝與海鴉生活在南北分家的兩個半球上，但它們骨骼形體卻有許多相似之處，不能不讓人懷疑它們的關係。

雖然從以上的論證來看，企鵝的祖先就是一種不會飛翔的動物。但是，有些動物學家對此持不同看法。他們依據多年積累的研究資料，斷言企鵝的祖先應該是會飛行的。因為從現代企鵝的身體結構上來看，它們依然有可以飛翔的痕跡。