甲減的治療主要是甲狀腺素的替代治療，目前國內常用的是甲狀腺素片和優甲樂，效果滿意，價錢便宜，服用簡單，一天只需服藥一次。

服藥要先從小劑量開始，根據全身的症狀及化驗甲功結果逐漸加量，直至全身症狀消失，T3、T4、FT3、FT4與TSH恢復正常。此後維持此劑量終身服藥，不要輕易停藥，否則，原來消失的症狀可在1～3個月內再次出現。

治療過程中如果出現心慌、心律不齊、失眠、煩躁、多汗等症狀，應減少藥量或去醫院查。如果偶爾一次忘了服藥，不必補服，下一次服藥時也不需要加量，仍按以前的劑量服用就行。

另外，即使服藥後一切症狀消失，也應定期到醫院複查體內的甲狀腺激素水平，根據檢查結果適當調整藥物劑量，一般1～2年複查一次就可。

大多數甲減是永久性疾病，須終身服藥，只有少部分甲減如亞急性甲狀腺炎、藥物導致的甲減可在治療後痊癒。

甲亢碘131治療後產生的甲減可分為早發甲低和晚發甲低，早發甲減指碘131治療甲亢後1年內出現的甲減，這種甲減很大部分經過調理和治療可以恢復至正常，少部分可至永久性甲減。晚期甲減一般指碘131治療1年後出現的甲減，往往是永久性，需終身替代治療。