肝蛋白質的半壽期為10天,而肌肉蛋白質半壽期則為180天,可見肝內蛋白質的更新速度較快.肝臟除合成自身所需蛋白質外,還合成多種分泌性蛋白質.如血漿蛋白中的白蛋白、凝血酶原、纖維蛋白原及血漿脂蛋白所含的多種載脂蛋白等均在肝臟合成,故肝臟合成血漿蛋白 的作用對維持機體蛋白質代謝有重要意義.肝功能嚴重損害時,或合成蛋白的原料缺乏時,常出現蛋白減少、水腫及血液凝固機能障礙. 肝臟在血漿蛋白質分解代謝中亦發揮重要作用.蛋白所含氨基酸可在肝臟進一步分解.體內大部分氨基酸,除支鏈氨基酸在肌肉中分解外,其餘氨基酸特別是芳香族氨基酸主要在肝臟分解.嚴重肝病時,血漿中支鏈氨基酸與芳香族氨基酸的比值會下降. 在蛋白質代謝中,肝臟還具有一個非常重要的功能：那就是將氨基酸代謝產生的有毒的氨（NH3）透過鳥氨酸迴圈合成尿素以解除氨毒.肝臟也是胺類物質解毒的重要器官,腸道細菌產生的有毒物質,主要在肝細胞中進行轉化以減少其毒性.當肝功能不全或門體側支迴圈形成時,這些有毒物質可不經處理直接進入神經組織,並能抑制神經遞質的功能,與肝性腦病的發生有一定關係