該公司運輸的貨物以煤炭為主，此外，還運送焦炭、水泥、非金屬礦及鋼鐵、木材、金屬礦石等貨物。公司範圍內共有裝車站（點）共計147個，其中2萬噸和萬噸裝車點41個。

該公司2003年、2004年和2005年貨物運輸收入分別為51.3億元、72.0億元和122.0億元，2004年、2005年貨運收入同比增幅分別為40.4%和69.4%。

該公司大秦鐵路大部分煤炭運量來自於晉北地區，在北同蒲、口泉、寧岢等線沿線裝車；部分來自於蒙西和陝西北部，透過大準線、神朔線等輸送到大秦鐵路；剩餘部分為來自大秦鐵路沿線的運量。2005年，大秦鐵路運輸的煤炭中，來自北同蒲、口泉、寧岢等線裝車的煤炭為16,231萬噸，佔79.9%；來自內蒙古西部地區的煤炭為1,817萬噸，佔8.9%；來自陝西北部地區的煤炭1,625萬噸，佔8.0%；大秦鐵路本線煤炭裝車為629萬噸，佔3.1%。

該公司運輸的煤炭主要發往秦皇島港地區柳村南、秦皇島東、秦皇島南等站卸車，部分發往天津、河北、遼寧等方向。2005年，大秦鐵路運往秦皇島港地區卸車的煤炭為13,905萬噸，佔其煤炭運輸量的68.5%。