區別一：影響因素不同

垂直電子商務是直接影響市場容量大小的重要因素。水平電子商務一方面受制於宏觀經濟狀況的影響，另一方面受國家收入分配政策、消費政策的影響，水平電子商務直接決定消費者購買力水平。

區別二：包括的範圍不同

垂直電子商務在稅法上的說法，即勞動報酬在扣除免稅專案後的應當按國家規定繳納所得稅的部分。而水平電子商務是對已做工作按計時工資標準支付的工資，包括實行結構工資制的單位支付給職工的基礎工資和職務工資。

區別三：作用不同

垂直電子商務主要是用來存錢、取錢、轉賬的公司賬戶；

而水平電子商務用來辦理包括提現和發放員工工資福利等在內一切符合法律法規的結算，而一般存款賬戶只能辦理一般的結算業務，不能提取現金和發放員工工資福利。

區別四：性質不同

垂直電子商務可辦理轉賬結算和現金繳存，不可以辦理現金支取。

水平電子商務可以隨時存入或取出資金，但是取出資金必須透過公司轉賬支票轉入公司基本賬戶中，然後再透過公司現金支票支取。