瑪芬蛋糕和杯子蛋糕都是用紙杯來做，但兩者只能說是形似而神不同。

通常來說杯子蛋糕（cup cake）組織更鬆軟，相對瑪芬更輕，也就是更偏蛋糕口味。所以杯子蛋糕都很小，因為它的組織鬆軟的程度很難把它做大。通常配以糖霜，奶油，還有不同的裝飾，可以用在小宴會、酒會。

而瑪芬蛋糕（muffin）組織更細密，可以加入糠麩等比重重的材料，更偏麵包，國外甚至有的瑪芬蛋糕硬到扔到牆上就粉碎了。因為組織更細密，所以配方可以加入水果、堅果、巧克力脆等等。瑪芬蛋糕在國外通常用來做早點，口味上可以不是很甜，很少裝飾，雖也可以配奶油吃，但未見過用糖霜來裝飾的瑪芬蛋糕。瑪芬蛋糕在英國更指一種類似麵包的配方，而且未必是蛋糕型的，有可能是扁的。

並不是杯子形狀的蛋糕都叫瑪芬的。

瑪芬(譯瑪芬麵包或英式小鬆糕)，主要指兩種以麵包為原料的食品，一種用酵母發酵而成;另一種更為“快速”的方法是用烘烤粉或者烘烤蘇打對面包進行處理而製成。這是兩種瑪芬中出現較早的一種，大約出現在公元11世紀時的英國。