韭菜的莖分地上莖和地下莖。地上莖為假莖和花莖，假莖由柔嫩的葉鞘層層抱合而成；花莖即花薹（薹幹部分），綠色至深綠色，一般高30cm左右，粗約4mm，但薹的高和粗在不同種類和品種間存在很大差異。普通韭菜中的薹用品種有的薹高可達50cm左右，粗甚至可達7mm以上。地下莖為營養莖，一二年生韭菜的營養莖短縮呈扁圓錐狀，稱莖盤。莖盤頂端為頂芽，周圍著生葉鞘，葉鞘基部稍稍肥大，也稱鱗莖。短縮莖逐年不斷向上增生，並陸續發生分櫱；二三年以後隨著分櫱株短縮莖的延伸，便逐漸形成了根狀莖。分櫱時莖盤頂芽靠近芽端的上位葉腋先發生櫱芽，開始時櫱芽被包裹在原植株的葉鞘內，此後隨著生長的進展，撐破葉鞘，並形成新的分櫱株，韭菜的生長狀態韭菜分櫱的橫切面分櫱株簇生呈叢狀。春播韭菜播種當年，植株長有5～6片葉時，即可發生分櫱；二年生以上的植株每年分櫱2～3次，分櫱的時間主要在氣候涼爽的春季和秋季，每次分櫱大致為1～3個（以2個為多）。分櫱力是鑑別韭菜品種優良與否的重要指標之一，不同種類、品種的韭菜其每年的分櫱次數和分櫱數有著很大的差異。例如，普通韭菜中分櫱力弱的品種每年僅能增加2～4個分櫱株，而分櫱力強的品種每年所增加的分櫱株數可高達8～9個，甚至更多。