透明隔腔是被穹窿柱分為前腔(位於兩側側腦室前角之間的腦脊液腔)及後腔(位於兩側側腦室體間的腦脊液腔，又稱Vergae氏腔)。兩腔通常由透明導管連通，偶爾被穹窿柱隔開。目前認為此腔存在屬於解剖變異。位於雙側腦室前角間的又稱為第5腦室，後方的那個稱為第6腦室。我們日常說的透明隔腔指的是兩側側腦室前角間的腦脊液腔，一般小於3MM，張力不高，臨床上也沒有任何症狀，在這種情況下是不需要治療的。　　若此腔張力增加呈囊狀改變，可壓迫室間孔引起相應的室間孔腦脊液引流不暢而導致該側側腦室積水，引起患者頭痛、頭暈、癲癇及精神失常等症狀，此時叫透明隔囊腫。此時要徵求腦外科醫生意見，可行手術開窗使囊腫與腦室交通即可，用套管腦立體定向技術，顱骨鑽孔經腦組織，腦室或胼胝體直接開窗打通囊腔做腦室內引流即可。　　人們將透明隔腔、Verga腔、透明隔囊腫和Verga腔囊腫統稱為“透明隔腔”。

透明隔間腔又稱第五腦室，正常胎兒4個月時，原始透明隔內形成中縫，發展為分離的小葉，小葉間隙稱為透明隔腔，內充腦脊液，透過孟氏孔與側腦室相通（但另有觀點認為：它們不參與腦脊液系統的迴圈），其雙側壁平行，在出生後2個月，雙側透明隔小葉融合，透明隔腔消失，但有12%～15%直到成年仍存在。