雖然說玩格鬥遊戲最舒服的還是使用街機搖桿，但是使用遊戲手柄同樣可以玩《拳皇》的。順帶一提的是，掌機玩《拳皇》與手柄類似，只不過按鍵可能沒有手柄那麼多。

主流手柄右側絕大多數都是4個按鍵的，無論是索尼的圓圈、三角、叉、方塊，還是微軟的A、B、X、Y，這四個按鍵對應的都是《拳皇》中的四個基本按鍵輕拳，輕腳，重拳，重腳（預設）。除此之外手柄上還會有4個肩鍵，這四個按鍵主要作用是用來設定快捷鍵位的。

由於《拳皇》還是有很多招式需要多個按鍵組合使用的，因此很多玩家喜歡用肩鍵設定成多個按鍵的組合鍵。這樣在拳腳方面基本上就沒什麼太大問題了。

關於方向指令，有的玩家喜歡使用左搖桿來操作，而有的玩家喜歡更精準的十字鍵操作，這兩種都各有利弊，玩的好的高手實力不一定比使用街機搖桿玩家的實力低。

很多世界級的《拳皇》比賽中，除了自帶搖桿的選手外，自帶手柄的選手也是出現過的。