《消滅病毒》副武器排行由強到弱為：電磁炮、綠色浮游炮、鐳射炮、火焰彈、導彈、紫色浮游炮。比較靠前的有：電磁炮、綠色浮游炮、鐳射炮。

1、電磁炮

電磁炮是《消滅病毒》遊戲中最強的副武器，具有高額的傷害和大面積的攻擊範圍，同時還能麻痺病毒。遊戲打到120關之後會自動解鎖電磁炮，由於電磁炮在同等級下比任何一個副武器傷害都要高，因此排在了最強副武器第一位，120關之後的關卡都可以使用電磁炮來打通。

2、綠色浮游炮

綠色浮游炮可以是最舒服的一個副武器了，全自動化的攻擊，對付單體血量高的病毒十分有效，缺點就是應對大量病毒群的時候有些無力，而且等級前期傷害不足，需要投錢提高強度和火力才能看出它的優勢。

3、鐳射炮

鐳射炮可以說是新手最適合使用的武器了，在120關之前完全可以使用鐳射炮來打通，鐳射炮具有非常高的傷害，直線型攻擊對付病毒群十分有效，但釋放間隔很長，提高強度可以減少釋放間隔，還有一點就是鐳射炮的實際傷害要遠遠大於面板傷害，如果沒有電磁炮的話就使用鐳射炮吧！