1、產生條件不同

變種是與親代（上一代）不同，產生差異性變異，稱為變種。在植物中，有些植株的性狀與基本種不同，而以往是以花色（大部分的白花）、株形（垂櫻）、葉形等某一性狀的差異來劃分變種。

亞種是某個種的表型上相似種群的叢集，棲息在該物種分佈範圍內的次級地理區，而且在分類學上和該種的其他種群不同。

2、劃分不同

亞種是指某種生物分佈在不同地區的種群，由於受所在地區生活環境的影響，他們在形態構造或生理機能上發生某些變化，這個種群就稱為某種生物一個亞種。

動物分類上存有輕視變種的傾向，動物的變種常有一部分被作為品種處理，在地理分佈上不同的多作為亞種處理。

3、分類不同

亞種屬種內類群,是指同種內由於地域、生態,或季節上的隔離而形成的形態特徵性狀上有明顯區別的生物群體。為此,作為一個獨立種,必須具有1，2條形態特徵與原亞種相區別，

變種分類系統上設在種下的等級。在植物中，有些植株的性狀與基本種不同，而以往是以花色（大部分的白花）、株形（垂櫻）、葉形等某一性狀的差異來劃分變種，但最近，作為一個品種來考慮，則至少要有兩三點差異，並且佔有不同的地理分佈的型別才常作為變種來處理。