二者都屬於可以用來繪畫的筆因為都是彩色的，但是二者形象和作用有區別。馬克筆的筆頭是偏平的水彩筆大多數都是圓的，馬克筆可以疊色而水彩筆做不到，而且水彩筆的顏色辨識度以及上色能力不如馬克筆。水彩筆大部分都是完整的一套，馬克筆是可以單買的。

資料補充：

馬克筆分為油性馬克筆和水性馬克筆兩種，油性馬克筆多用於一次性的快速繪圖，乾的很快，耐水、耐幹。雖然不能溶於水，但是能溶於酒精，如果筆幹掉了，在筆芯里加入點酒精又可以接著用一段時間。

水性馬克筆色彩明亮，能夠溶於水，幹了往筆芯內加點水也還能接著用一段時間。

水彩筆有單色水彩筆、雙色水彩筆和多色水彩筆，單色水彩筆只有顏色的區別，有12色、24色、36色等色號。

雙色水彩筆書寫起來有2種顏色。多色水彩筆是由多種顏色的筆芯合在一起做成一個筆頭，常用於美工作畫。

無論是油性馬克筆還是水性馬克筆都是有著獨特的特性，也就是說各自有各自的用處和用法，根據使用者的目的而定。馬克筆和水彩筆雖有不同但是道理亦是如此沒有好壞之分，根據目的分清需要什麼就可以了。