區別：

1、研究性狀：

基因的分離定律：1對；

基因的自由組合定律：2對或n對(n>2,下同)。

2、等位基因對數：

基因的分離定律：1對；

基因的自由組合定律：2對或n對。

3、等位基因與染色體的關係：

基因的分離定律：位於1對同源染色體上；

基因的自由組合定律：分別位於2對或2對以上同源染色體上。

4、細胞學基礎（染色體的活動）：

基因的分離定律：減數第一次分裂後期，同源染色體分離：

基因的自由組合定律：減數第一次分裂後期，非同源染色體自由組合；減數第一次分裂前期，同源染色體的非姐妹染色單體間交叉互換。

5、遺傳本質：

基因的分離定律：等位基因分離：

基因的自由組合定律：非同源染色體上的非等位基因的重組互不干擾。

聯絡：

①在形成配子時，兩個基因定律同時其作用。

在減數分裂時，同源染色體上等位基因都要分離；等位基因分離的同時，非同源染色體上的非等位基因自由組合。

②分離定律是最基本的遺傳定律，是自由組合定律的基礎。