建堆發酵是平菇發酵料栽培最關鍵的環節，關係栽培的成敗和產量的高低。發酵的原理是利用料內好氧微生物生長釋放的熱量提高料堆溫度，高溫可殺滅了料內的雜菌和蟲卵，可有效地減輕病蟲為害。發酵對培養料的也起到降解和軟化作用，益於菌絲生長和培養料裝袋。發酵時堆溫一定要達到60℃以上，並維持一定的時間，保證培養料均勻發酵。如發酵溫度和時間達不到要求，不僅不能殺死料內雜菌和蟲卵，反而會繁殖大量的雜菌，直接導致生產失敗。建堆時每堆的培養料應不少於250kg，否則堆溫難以升到60℃。發酵時先將各種培養料幹翻拌勻，成團的料要打碎，難吸水的培養料可先用少量水拌溼，可溶性物質如石灰先溶於水，然後均勻拌入培養料中。拌好的培養料含水量要適當，以手握指縫有2~3滴水滴下為宜。建堆時要保證料堆的通氣性，一般料堆底寬1.2m～1.5m，高1.0m～1.2m，長依場地而定。堆好後在料堆上每隔50cm從上到下扎一個通氣孔，如果沒有陰雨和大風天氣，料堆不用覆蓋覆蓋物。當料堆溫度升到60℃以上時保持24hr翻堆，以後每天或隔天翻一次堆，共翻3～4次堆，發酵時間7～9d。發酵時間不宜過長，否則會浪費料內營養，降低產量。