一、種莖選擇木薯種莖以粗壯、密節、堅實、新鮮、不損皮、不損芽、不幹枯、不腐爛、無病蟲、皮層綠色、斬斷切口有乳汁流出的為良好。就一條木薯種莖來說，則以主莖中、下部苗為好，上部苗次之，分枝苗最劣。老種莖（即上年種植收穫後的老種莖）斜切也可作種用，同樣能獲得高產。據測定，老種莖、下部莖、中部莖、上部莖、分枝莖的缺株率，分別為0、2、2.5、6.6、50、69%；畝產塊根分別為1250、1412.5、1110、1005.4、700公斤。以下部莖最好，老種莖和中部莖次之，上部莖又次之，分枝莖最低產；上部莖和分枝莖缺株多，故不宜採用。老種莖不及下部莖，但比中、上部莖高產，因為老種莖比分枝莖增產大2-3倍。含澱粉及其它有機物質較多，種莖上的休眠芽鮮好，易發壯芽。中、下部莖也較粗，發芽齊壯，宜作種苗用。

二、種莖處理選定種莖後，即行斬種。每段斬成長33釐米左右為宜，因為種莖發芽有80%是從傷口的愈傷組織內部中柱梢發生，所以斬種時應斜斬呈“鴨嘴狀”，使切口的周邊較長，髮根數較多，這樣才能多結薯。斬種時還要防止損皮和裂莖。因為損皮的種莖易腐爛，裂莖的種莖不利於輸送養分、水分，會影響發芽。