所謂耐熱菌是指在實驗型巴氏殺菌溫度下可以存活的菌體，乳微細菌、芽孢菌通常可100％存活，一些微球菌的耐熱性差，產鹼桿菌僅有1％～10％存活，鏈球菌（即糞腸球菌）、乳桿菌和一些棒狀桿菌是耐熱菌，可在60℃下耐受20min，但僅有1％左右的菌株可耐受到63℃30min，常見的耐熱菌如下。3.2.1芽孢菌屬芽孢菌屬是乳中汙染的主要的耐熱菌種，常見於乳中的芽孢桿菌有：枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、蠟樣芽孢桿菌等，該類菌種為革蘭氏陽性桿菌，需氧、內生芽孢，能運動、有周身鞭毛，可陳化牛乳，大多數菌落呈擴散性生長，菌落較大，表面呈灰白色，有的菌落成蠟樣質顏色，一般不分解乳糖，不利用甘露醇，在乳品中重要的芽孢菌是蠟樣芽孢桿菌。不同菌株的最低生長溫度不同，一般在5～6℃下仍可生長，最佳生長溫度為30～37℃，最高生長溫度為37～48℃。最低生長PH為4.3～4.9，最高為9.3。儘管該菌在有氧條件下生長良好，但也可在厭氧條件下透過發酵葡萄糖和還原硝酸鹽呼吸而生長，在其他適宜條件下，可在含7%NaCI的基質中生長，最小生長的水分活性為0.92～0.95。需氧條件下生長於各種培養基上的菌體在飢餓狀態下均可生成芽孢。形成芽孢是一個複雜和需時較長的過程。一般發生在對數生長後期和穩定早期。