首先來看第一種情況，本身小蘭對柯南的身份有過懷疑，在之前的劇情裡就斷斷續續提到，但後面就很少再提，一方面是因為因為小哀和柯南有過同時出現在小蘭面前，另一方面就是新一時不時的聯絡小蘭，讓她打消了懷疑柯南身份的念頭，這事也就平平安安的度過幾百話。但如果在對決之前，小蘭又因為柯南某些疏忽察覺到什麼，重新懷疑柯南並且質問柯南，這種情況下柯南把實情告訴小蘭，用這種方式來告訴小蘭也未嘗不可，相信觀眾也會傾向看這種結局。

第二種情況呢，柯南在與黑衣組織對決結束後拿到解藥，然後恢復成高中生工藤新一回來找小蘭，然後告訴小蘭之前一系列的事情，並且還要說聲隱瞞了那麼久非常抱歉之類的。這種結局實際上也行，但我個人並不看好，如果是在恢復身份之前小蘭都沒有當面揭露柯南身份，那麼新一在對決完之後大可以不用再跟小蘭說這些，雖然這樣的說法可以解決柯南消失的謎題，但顯然沒有第一種情況那麼精彩，我想青山老師也不至於會這麼安排。

依我的看法，我想關於柯南身份的迷題，要麼就是按第一種方式把真相告訴小蘭，要麼就是選擇不說，只是這樣的話就要想另外一個柯南離開的毛利家的理由，畢竟住了那麼久，柯南和小蘭的感情還是有的，突然要離開估計也不捨得啥的，大致是能猜到的結局就是這樣。

肯定安插在主線裡，跟黑衣組織對決，讓小蘭發現了一些柯南縮小的秘密，一波大劇情之後，柯南為了保護小蘭變回新一親口對小蘭講述變小的苦衷，新一跟黑衣組織展開最終的對決九死一生，最後活著回來兩個人幸福的在一起…彩蛋，小蘭回憶起一起吃睡玩洗澡的柯南羞紅了臉，空手道惱羞成怒，劇終……