指某些病原菌生長繁殖過程中分泌到菌體外的一種代謝產物。其主要成分為可溶性蛋白質。許多革蘭氏陽性菌及部分革蘭氏陰性菌等均能產生外毒素。在人類疾病中，如產生於破傷風、白喉和肉毒中毒等。其毒性作用強，不同種細菌產生的外毒素對機體的毒性作用有明顯不同，可選擇性地作用於某些組織器官，引起特殊病變。外毒素不耐熱、不穩定、抗原性強，可刺激機體產生抗毒素，可中和外毒素，用作治療。經甲醛處理可脫毒，做成類毒素，用作免疫預防劑。

霍亂弧菌、痢疾桿菌和大腸桿菌能產生分泌到它們細胞外面的腸毒素引起患者腹瀉；鼠疫桿菌分泌的鼠疫毒素作用於全身血管及淋巴使其出血和壞死；還有些細菌產生不分泌到菌體細胞外的毒素，例如沙門氏菌。當我們不小心弄破了手足而傷口比較深時，或者被鏽鐵釘扎到肉中，必須到醫院去注射預防針，預防由梭狀芽孢桿菌引起的破傷風。梭狀芽孢桿菌也來自土壤，是一種不喜歡氧氣的厭氧菌。它在氧氣較少的深部傷口中繁殖，併產生一種能致人於死地的毒素。還有一種梭狀芽孢桿菌，它們會產生一種已知對人類最厲害的毒素（0.1微克就足以致人死命），它並不在宿主體內繁殖，而是在罐頭裡醃製的魚和肉類中繁殖併產生毒素。不過現代先進有效的食品保藏方法使肉毒中毒症變得很少見了。