第44集 與黑暗數碼寶貝的決戰
大家乘阿丈哥哥的車追亞基利獸的車。小賢在被綁架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠紀夫。原來他是亞基利獸和木乃伊獸的創造者，他想將小賢身上的黑暗種子移植到被綁架的孩子們身上。並且他就是小賢的哥哥死後發郵件給他的人。希爾芙獸與女惡魔獸戰鬥，被打成重傷。小京為救被女惡魔獸捉住的人而被女惡魔獸攻擊，希爾芙獸為保護小京而打倒女惡魔獸。另一邊，古神獸與海魔獸戰鬥，伊織和阿武到醫院救人。經過苦戰，古神獸打倒了海魔獸。小京和伊織都很矛盾，因為他們必須面對有思想和生命的數碼寶貝。雷龍獸很快要追上綁架小賢的那輛車了，而究極魔獸也出現在那輛車面前……
第45集 黑暗之門
戰士形態的帝皇龍甲獸、希爾芙獸與古神獸與究極魔獸對決，但是根本傷不了它，而且它的殺傷力巨大。大輔他們商量將究極魔獸送回數碼世界，但是究極魔獸居然自己能開啟數碼世界大門。正當大家絕望時，小賢告訴大家他的暴龍機可以開啟黑暗海世界的大門。開啟大門的時候，小賢被黑暗力量攻擊，十分痛苦。大家一起握住他的手，支援他。再加上三隻數碼寶貝的合力攻擊，終於將究極魔獸送到黑暗海世界裡，危機又一次過去了。可是黑暗種子已經移植到孩子身體裡了……
第44集 與黑暗數碼寶貝的決戰
大家乘阿丈哥哥的車追亞基利獸的車。小賢在被綁架的孩子中，看到他爸爸的同事及川悠紀夫。原來他是亞基利獸和木乃伊獸的創造者，他想將小賢身上的黑暗種子移植到被綁架的孩子們身上。並且他就是小賢的哥哥死後發郵件給他的人。希爾芙獸與女惡魔獸戰鬥，被打成重傷。小京為救被女惡魔獸捉住的人而被女惡魔獸攻擊，希爾芙獸為保護小京而打倒女惡魔獸。另一邊，古神獸與海魔獸戰鬥，伊織和阿武到醫院救人。經過苦戰，古神獸打倒了海魔獸。小京和伊織都很矛盾，因為他們必須面對有思想和生命的數碼寶貝。雷龍獸很快要追上綁架小賢的那輛車了，而究極魔獸也出現在那輛車面前……
第45集 黑暗之門
戰士形態的帝皇龍甲獸、希爾芙獸與古神獸與究極魔獸對決，但是根本傷不了它，而且它的殺傷力巨大。大輔他們商量將究極魔獸送回數碼世界，但是究極魔獸居然自己能開啟數碼世界大門。正當大家絕望時，小賢告訴大家他的暴龍機可以開啟黑暗海世界的大門。開啟大門的時候，小賢被黑暗力量攻擊，十分痛苦。大家一起握住他的手，支援他。再加上三隻數碼寶貝的合力攻擊，終於將究極魔獸送到黑暗海世界裡，危機又一次過去了。可是黑暗種子已經移植到孩子身體裡了……