隨著成品油價格的不斷上揚，各地推廣替代燃料的積極性高漲。除了國家大力推廣的乙醇汽油外，一些地方和企業對甲醇汽油的應用也產生了很高的興趣。

甲醇的毒性大，對安全不利。甲醇汽油如果使用不慎，容易對人體造成傷害甚至致命。甲醇燃料的火焰不可見，對甲醇汽油供應設施方面需要更多投入，對車輛的使用和維護也要進行培訓，而不像推廣無毒的乙醇汽油那樣簡單。

甲醇的腐蝕性強，甲醇汽油的理化效能與汽油相比差異較大。甲醇汽油對油箱、油路鉛錫鍍層和焊接鋼管、銅、鋅、鋁及合金有腐蝕作用，目前尚無技術有效地解決這種腐蝕性問題，汽車的耐久性得不到保障。

環保問題有待確認。主要是使用甲醇汽油排放有毒或致癌的苯、甲醛和乙醛。德國大眾公司的研究結論是總醛排放增加3至6倍，國內研究表明，甲醇在汽油中的比例越高，未燃的醛排放量越高。

在經濟性問題上，由於甲醇汽油熱值低，與汽油相比，同等里程下燃料消耗大，成本高。使用甲醇汽油的車輛需要特殊的昂貴的潤滑劑，使得甲醇汽油的經濟性大大降低。