捨本逐末和本末倒置都有主次關係處理不當的意思，捨本逐末和本末倒置的區別有：

1、含義不同

“本末倒置”是指把主次的位置顛倒了；“捨本逐末”指丟掉主要的；追求次要的。捨本逐末一詞偏重於這種錯誤行為的過程本身,而本末倒置偏重於其結果。

2、詞源不同

古以農耕為本，工商為末，謂捨棄農耕，從事工商，拋棄根本，追求枝節為捨本逐末。

本末倒置出自《禮記．大學》，《禮記．大學》裡有一句話說：“物有本末，事有終始，知所先後，則近道矣。”就是在說明做一件事情，掌握本末終始、先後次序是非常重要的。但是，因為一般人往往會有誤本為末、倒末為本的疏失，所以就有“本末倒置”的說法。

3、成語用法不同

捨本逐末語法為聯合式；作謂語、賓語、定語、狀語。示例：趙匡胤是一個十分開明的君主，不捨本逐末，關照農民與農業，很少顧及自己。

本末倒置語法為主謂式；作謂語、賓語、定語；含貶義。示例：做任何工作；都有個輕重緩急；且不可～；不分主次。

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