紅/藍/綠寶石劇情上大同小異在紅寶石版中，火巖隊是反派組織，水艦隊是主角的同伴，藍寶石版反之。對應的主題神獸不同（紅寶石：古拉頓+天空龍；藍寶石：海皇牙+天空龍）。橡實果、長鼻葉、狡猾天狗、大嘴娃、貓鼬斬、太陽巖、固拉多是紅寶石版專有的精靈。蓮葉童子、蓮帽小童、樂天河童、勾魂眼、飯匙蛇、月石、蓋歐卡是藍寶石版專有的精靈。關於秘密基地的傢俱，紅寶石版可以得到紅色帳篷與橡實果玩偶，藍寶石版可以得到藍色帳篷與蓮葉童子玩偶。綠寶石與紅藍寶石版的不同原作中由豪力幫助玩家搬家的情節修改為過動猿幫助玩家搬家。道館迷宮重新設計。冠軍的房間的顏色將紫色變更為了藍色。火巖隊與水艦隊都變為了敵對組織。固拉多與蓋歐卡的捕獲地點變更，等級提升。將前作的對戰塔擴大為新的對戰開拓區。新增加與火紅葉綠版一致的肚臍巖、誕生之島、邊境的小島三個地點，這三個地點都是用來捕獲傳說中的神奇寶貝的地點。改變了小遙和祐樹的衣著。將神奇寶貝聯盟冠軍由大吾替換為前水系道館訓練家米可利，水系道館訓練家則替換為米可利的老師亞當。前神奇寶貝聯盟冠軍大吾在主角成為新一屆冠軍後出現在流星瀑布深處，主角可以挑戰一次。