整個長江水系，包括各附屬湖泊，共分佈有魚類350種，其中終生在淡水中生活的純淡水魚有324種之多，大大超過中國其他江河的淡水魚種類數(珠江有淡水魚239種，黃河僅有150種)。長江的魚類中，有10種是過河口洄游性魚類，如降河洄游的鰻鱺、松江鱸，溯河洄游的中華鱘、鰣魚等；另外還有16種是主要在河口區鹹淡水生活的種類，但在下游的淡水中經常可尋覓到它們的蹤跡，如鯔、suo、花鱸等。至於偶爾在河口見到的海產魚類，就不能算作長江的魚類了。在長江的魚類中，鯉形目魚類佔絕大多數，計有248種，佔整個長江魚類種數的70.8%。其次是鯰形目魚類，有37種，佔10.7%。長江的鯉形目魚類分屬於4個科，亞口魚科僅有胭脂魚一個種，鰍科有50種，鯉科181種，平鰭鰍科16種。鯉科不但是長江魚類中最大的一個科，佔了總數的51.7%，而且長江的主要經濟魚類，如鯉、鯽、青魚、草魚、鰱、鱅、魴、 鯿、鯝、銅魚等，都屬於這個類群。同時，鯉科中所有的11個亞科，在長江內都有分佈。特別是適應於高原環境的裂腹魚亞科魚類，在長江水系多達24種，而其他發源於青藏高原的河流，通常僅分佈這一亞科魚類的少數幾種。