布瓊尼元帥被其部下戲稱為“鬍子很大頭腦很小的人”，可見其戰略指揮水平一般。在二戰中主要由布瓊尼元帥指揮的戰役要數其在蘇德戰爭前期擔任西南方向總司令時期對抗南翼的龍德施泰特元帥的南方集團軍群。

當時布瓊尼指揮的麾下擁有30個坦克師和機械化步兵師，5個騎兵師和45個步兵師的強大兵力。尤其在坦克數量方面優勢很大，布瓊尼擁有各型坦克約5000輛，而龍德施泰特只有600輛坦克，即使是擔負中路莫斯科方向防禦的西方面軍的坦克數量也只有布瓊尼的一半。

即使在如此的優勢情況下，由布瓊尼元帥指揮的防線還是被德軍所突破，龍德施泰特的裝甲叢集深入了蘇軍西南方面軍的左翼後方，同中路的中央集團軍群對西南方面軍構成了合圍之勢。在此時布瓊尼頭腦還是清醒的，他意識到西南方面軍所面臨的巨大的危險，向斯大林請求撤退，遭到了斯大林的拒絕並被解職。最終西南方面軍5個集團軍慘遭覆滅，這個曾經最為強大的一個方面軍已經名存實亡。

此後布瓊尼元帥雖然擔任過幾個方面軍的司令職務，但基本都屬於過渡性質，沒有實質性的指揮具體的大型戰役。在著名的1941年莫斯科紅場閱兵中，布瓊尼出任閱兵總指揮，這兒也是布瓊尼在蘇聯軍事領域的最後一次高光亮相。