植物病原原核生物並不獨立於原核生物之外，其命名原則、分類方法、分類單元和分類系統與原核生物相同。界、門、綱、目、科、屬、種。

細菌屬的特徵：形態特徵和培養性狀、生理生化性狀、遺傳性狀。

種（species）的概念：種是許多具有共同特徵的菌系組成的群體，通常這些菌系與其它菌繫有很大的區別。基因種——細菌分類學家，分類種——植物病理學家。

亞種（subspecies）：指在種下類群中在培養特性、生理生化和遺傳學等性狀有一定的差異的群體。

菌系（strain）：是由分離獲得的純培養物單個菌落繁衍的後代組成。

模式菌系（type strain）：是種的命名菌系，由它以及和它相似的其它菌系組成種。由於細菌的種的概念包含人為的主觀判斷，因此，細菌種的表型和遺傳特性上存在明顯的多樣性。目前認為根據遺傳的相關性來定種更為客觀。

致病變種（pathovar，pv.）：在細菌種下以寄主範圍和致病性為差異來劃分的組群。

生化變種（biovar）：是種內的菌株，按生理生化性狀的差異來劃分的組群，不考慮致病性等其他性狀的異同。