用進化論的觀點來講，很簡單，自然選擇。 突變出低效酶DNA的個體都死絕了…… 分子生物學：高度專一的結構導致其他分子難以接觸到催化作用的酶，減少排隊時間。

微觀尺度的運動不能用宏觀尺度的視角去衡量。酶催化的原理可以簡單用下圖表示——

底物 + 酶 ——→ 中間複合物 ——→ 產物 + 酶

底物先和酶結合生成更容易發生反應的中間複合物，後者反應後生成產物，同時酶又被釋放出來，繼續迴圈使用。

反應過程需要酶和底物發生物理接觸，所以這個問題可以解構為：酶是如何實現每秒和成千上萬的底物分子接觸並分離的？

答案是因為酶會以極快的速度發生構象的改變和殘基與化學鍵的振動：酶構象摺疊的速度可以達到微秒到毫秒級，也就是一秒的千分之一到百萬分之一，蛋白質三級結構的阿爾法螺旋和貝塔摺疊的運動速度能達到納秒級（一秒的十億分之一），而蛋白質的二級結構氨基酸殘基的運動速度一級一級結構氨基酸之間的化學鍵的振動速度更是能達到飛秒到皮秒級（一秒的萬億分之一到千萬億分之一秒）。

打個形象的比方，酶可以一直以很快的速度抖動，抖動的過程就是與底物結合，發生反應，生成產物，與產物脫離重新變為原形態的酶的過程。