觀察瓊脂糖凝膠中DNA最常用的方法是利用熒光染料溴化乙錠進行染色，溴化乙錠含有一個可以嵌入DNA堆積鹼基之間的一個三環平面基團。它與DNA的結合幾乎沒有鹼基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，大約每2.5個鹼基插入一個溴化乙錠分子。當染料分子插入後，其平面基團與螺旋的軸線垂直並透過範德華力與上下鹼基相互作用。這個基團的固定位置及其與鹼基的密切接近，導致與DNA結合的染料呈現熒光，其熒光產率比遊離溶液中染料有所增加。

DNA吸收254nm處的紫外輻射並傳遞給染料，而被結合的染料本身吸收302nm和366nm的光輻射。這兩種情況下，被吸收的能量在可見光譜紅橙區的590nm處重新發射出來。由於溴化乙錠-DNA複合物的熒光產率比沒有結合DNA的染料高出20-30倍，所以當凝膠中含有遊離的溴化乙錠（0.5ug/ml）時，可以檢測到少至10ng的DNA條帶。

溴化乙錠可以用來檢測單鏈或雙鏈核酸（DNA或RNA）。但是染料對單鏈核酸的親和力相對較小，所以其熒光產率也相對較低。事實上，大多數對單鏈DNA或RNA染色的熒光時透過染料結合到分子內形成較短的鏈內螺旋產生的。