小腸分為十二指腸、空腸和迴腸，是連線胃的幽門部，長約6～7米的管道。由十二指腸開始，經空腸、迴腸在腹腔內曲折下行，在右下腹部與盲腸（大腸的開始部位）相接。小腸透過蠕動慢慢運送食物，約經過3～4個小時就可運到大腸。食物在這個過程中，接受各種消化液的作用而被充分消化和吸收。十二指腸自幽門部開始呈“J”字型彎曲，與空腸相接，長約25～30釐米。膽囊和胰臟由一根細管與十二指腸相連，向十二指腸輸送在消化上起重要作用的膽汁和胰液。膽汁可乳化脂肪使其易於消化，胰液則是含有糖、蛋白、脂肪等消化酶的強力消化液。空腸和迴腸在腹腔裡曲折下行通向盲腸部，其粘膜有許多皺褶。而且粘膜表面生長著密密麻麻的稱為絨毛的小突起，使小腸的吸收面積顯著擴大，同時又加快了吸收速度。絨毛內的毛細血管和淋巴管像網一樣張開，旺盛地攝取吸收進來的養分。另外，在絨毛之間還有許多腸腺開口，分泌含有各種消化酶的腸液。腸液與膽汁和胰液一道作用於食物，在透過小腸的過程中，將食物中的糖、蛋白質、脂肪分別消化分解成葡萄糖、氨基酸、脂肪酸和甘油。