目前腐熟菜籽餅可採用堆積腐熟的方法。堆積3~4層，一般每層高20~30釐米，每堆積一層噴灑一次有機肥腐熟劑等。堆高1米左右為宜，不要堆得太高，以防堆內熱量散發不出來而導致悶堆，堆好後用薄膜覆蓋好。

另外，菜籽餅腐熟時吸水量較大，腐熟前要讓菜籽餅糞吸足水分，此法能讓菜籽餅糞快速充分腐熟，使大部分養分呈無機態，更容易被作物吸收利用。

發酵後的肥料具有:

1.產生多種酶.抑制重茬病.根結線蟲病.枯萎病.青枯病和疫病等多種土壤傳病害。

2.含有的高效有益微生物菌群持續不斷活動.能活化空氣中氮素.分解釋放難溶的磷鉀養分.補充土壤有機質.緩慢釋放作物生長所需之營養要。

3.改善土壤物理性.使土壤保持鬆軟.耕作容易.促成土壤團粒結構.增加土壤孔隙.促進根群生長.增加土壤保水.保肥能力.減少淋洗損失。

4.綠色環保.提高肥效.本品發酵的有機肥無毒副作用.對作物和土壤環境安全.與無機化肥混用還大大提高化肥的使用效率.節約成本。

5.強根壯苗.防病抗病.有益微生物的大量繁殖向外界分泌激素.多糖等代謝產物.抑制土壤病原菌的滋生.能促進作物根系發達.生長旺盛.減少各種病害發生蔓延。