基因工程中主要的工具酶有限制酶和dna連線酶。限制酶的作用是切割目的基因兩端，而dna連線酶是將目的基因和運輸體的黏性末端連線在一起。

基因工程工具酶主要包括限制酶、聚合酶、連線酶、修飾酶和核酸酶五大類，具體解釋如下：

1、DNA限制性內切酶生物體內能識別並切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它是可以將外來的DNA切斷的酶，即能夠限制異源DNA的侵入並使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳資訊；

2、連線酶它是一種封閉DNA鏈上缺口酶，藉助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA鏈的5"-PO4與另一DNA鏈的3"-OH生成磷酸二酯鍵；

3、聚合酶系專司生物催化合成脫氧核糖核酸和核糖核酸的一類酶的統稱；

4、核酸酶核酸酶有DNase、RNase、核酸酶S1等，可水解相應的DNA和RNA，核酸酶S1可降解單鏈DNA和RNA，用量增大也可降解雙鏈核酸，它可用於切去ds-cDNA合成中產生的髮夾環；

5、修飾酶體內有些酶可在其他酶的作用下，將酶的結構進行共價修飾，使該酶活性發生改變，這種調節稱為共價修飾調節。