首先是整個劇情：整個故事是圍繞人類補完計劃進行，TV版結局是從意識上進行的（因為製作組沒經費了 ）而劇場版是從故事上直接進行的，很顯然人類補完計劃就是讓所有人的靈魂合而為一，本來這個認為應該是由主角爸爸完成的，但是零最後選擇了主角，自然主角就成為了人類補完計劃的關鍵。

在計劃剛進行時主角是同意的所以計劃開始執行，所有人類都被迫變成 了LCL液體，不管自己願意不願意，因為是靈魂合一所以都看到了自己最想看到的人或事，而那些EVA系列 的9臺機被破環都是計劃進行的儀式道具。

但在不知過了多久，主角覺醒了，知道了真實的意義，承認了 AT立場（也就是人與人之間的心裡隔膜）的必要性，所以儀式開始崩潰，EVA系列的9臺機被破環，計劃崩潰。

而此時計劃的強制性被取消，所有有心想活在現實裡的人都可以復活從LCL之海里，所以主角是從LCL 之海里出來的而不是初號機上，而明日香因為在之前對戰的EVA系列9臺機時已經明白了，所以她在強制力消失後也馬上覆原，而其他人還沉浸在虛幻中還沒能復原。