在特異性免疫和非特異性免疫中補體的啟用都起重要作用，它包括①溶解和殺傷作用：細菌進入機體後，細菌的細胞壁脂多糖可透過替代啟用途徑啟用C3（屬非特異性免疫），細菌與特異性抗體結合後可透過經典啟用途徑啟用補體（屬特異性免疫）。其結果均導致細菌細胞壁的破壞。另外，輸血時因輸錯血型，也可因血型抗原與對應抗體結合，透過經典啟用途徑啟用補體，而導致溶血反應。有膜的病毒也可透過這個機制遭到破壞；③免疫粘附作用：與C3b結合的顆粒或抗原-抗體複合物，有粘附靈長類紅細胞或非靈長類血小板的能力。粘附後形成體積較大的凝聚物，易被具有C3受體的吞噬細胞吞噬消除。中和病毒作用也主要是透過這個機制發揮的；③趨化作用：補體在啟用過程中釋放的C3a、C5a、C567等對中性粒細胞和巨噬細胞有趨化作用，可吸引它們向病原體存在的部位移行和集中，進行吞噬作用，同時也造成炎症反應；④過敏毒素作用：C3a、C5a能刺激肥大細胞和血小板釋放組織胺等藥理活性物質，從而引起平滑肌收縮、血管通透性增高等超敏反應；⑤促進血凝作用：C6有促進血凝的作用，在正常人凝血過程中，C6可被消耗。