汽車使用甲醇燃料有以下四個壞處：

1、甲醇燃料有毒性，會刺激眼睛結膜，也會透過呼吸道，消化道和面板進入人體，刺激神經，造成頭暈，頭疼，噁心，視力障礙和代謝酸中毒等，在後階段發生嚴重腹部疼痛，最後可能導致失明，甚至死亡。

2、甲醇燃料有腐蝕性 甲醇可作為溶劑，具有一定的腐蝕性。醇類具有較強的化學活性，能腐蝕鋁，鉛，錳，塑膠，合成橡膠等，而這些材料都是汽油燃料汽車的典型材料。另外，醇與汽油的混合燃料對橡膠，塑膠的溶脹作用比單獨的醇或汽油都強。為此，需要研製專用的甲醇燃料潤滑油和腐蝕抑制劑。

3、熱值低 ，甲醇的熱值只有汽油的48%，要行駛同樣的里程，所需燃料容積要大，甲醇儘管熱值較汽油小得多，但由於含氧量較高，其理論混合氣熱值與汽油接近，因此，甲醇可以作為汽油發動機燃料使用，而且其動力性可以接近使用汽油的發動機。

4、甲醇汽油易分層。甲醇汽油的穩定性主要取決於混合液中的水分，當水分達到一定含量時，甲醇會從基礎汽油中分離，因此，使用甲醇汽油需要加助溶劑嚴格控制水分。