1、存在部位

外毒素由活的細菌釋放至細菌體外；內毒素為細菌細胞壁結構成份，菌體崩解後釋出。

2、細菌種類

外毒素以革蘭氏陽性菌多見；內毒素以革蘭氏陰性菌多見。

3、化學組成

外毒素主要成分為蛋白質（分子量27，000～900，000）；內毒素主要成分為磷脂一多糖一蛋白質複合物（毒性主要為類脂A）。

4、穩定性

外毒素不穩定，60℃以上能迅速破壞；內毒素耐熱，60℃耐受數小時。

5、毒性作用

外毒素毒性強，微量對實驗動物有致死作用（以ug計量）。各種外毒素有選擇作用，引起特殊病變，不引起宿主發熱反應。抑制蛋白質合成，有細胞毒性、神經毒性、紊亂水鹽代謝等；內毒素毒性稍弱，對實驗動物致死作用的量比外毒素為大。各種細菌內素的毒性作用大致相同。引起發熱、瀰漫性血管內凝血、粒細胞減少血癥、施瓦茲曼現象等。

6、抗原性

外毒素抗原性強，可刺激機體產生高效價的抗毒素。經甲醛處理，可脫毒成為類毒黴，仍有較強的抗原性，可用於人工自動免疫；內毒素刺激機體對多糖成份產生抗體，不形成抗毒素，不能經甲醛處理成為類毒素。