鴨沙門氏菌病根據病程長短可分為急性、慢性和隱性三種類型，潛伏期一般10～20小時，少數病例潛伏期較長。

急性型

經常發生在3周齡以內的雛鴨。1日齡雛鴨感然後，體質較弱，絨毛松亂，兩翅下垂，縮頸呆立，下痢腥臭，洩殖腔周圍絨毛有糞便黏附，腹部常見膨大，觸診較硬，卵黃吸收不全，臍部紅腫。病程1～3天，常因急性敗血症死亡，有些雛鴨因瘦弱脫水而死亡。2～3周齡的雛鴨感染後，表現精神萎靡，不思飲食，呆立一旁，不願活動，兩翅下垂，兩眼流淚或有黏性分泌物。常見下痢、顫抖和運動失調，最後常因抽搐、角弓反張而死。病程一般3～5天。

慢性型

經常發生在1月齡左右的雛鴨和中鴨，表現精神不振，食慾降低，糞便稀軟，嚴重時下痢帶血，逐漸消瘦，羽毛松亂。也有表現張口喘氣等呼吸困難的症狀。還有些病鴨出現關節腫脹、跛行等症狀。通常死亡率不高，在有其他病原菌繼發感染的情況下，可使病情加重，會造成不同程度的死亡。

隱性型

是指成鴨在感染沙門氏菌後，不表現任何臨床症狀，呈隱性感染狀態。這種帶菌的成鴨，經常透過糞便排菌汙染環境，從而導致本病的傳播流行。