消毒的基本思路是透過物理或者化學的方法使得微生物蛋白質失活，失去生命活性達到消毒作用。

物理方法有：高壓蒸汽滅菌爐，紫外光殺菌 ，伽馬射線輻射等。高壓蒸汽滅菌爐一般實驗室和工作單位都有，用加熱到120℃的高壓水蒸汽滅活微生物。紫外光殺菌是用紫外光燈進行，用紫外線殺死微生物，但是紫外線穿透性不是十分好，所以一般只是用於輔助消毒。伽馬射線輻射是使用鈷60的輻射比較快捷徹底的消毒方法，高能的伽馬射線破壞生物蛋白結構和遺傳物質，這種方法材料不用經過高溫烘烤，但是不耐輻射物料則不能使用這種方法，輻射法一般只有到專門的機構才有，因為輻射源是嚴格管制的。

化學方法有：75%酒精消毒，鉻酸洗液消毒，環氧乙烷消毒等。酒精消毒是最常用的了，鉻酸洗液是使用鉻酸的強氧化性和生物毒性將微生物殺死。環氧乙烷是比較高階的消毒方法，它使得微生物蛋白質交聯失去活性。一次性注射器就用這種消毒辦法。 酒精消毒不需要特別裝置，鉻酸洗液一般用特製塑膠鉻酸洗劑槽，環氧乙烷則需要系統成套的裝置了。