黑木耳對膽結石、腎結石、膀胱結石、糞石等內源性異物也有比較顯著的化解功能。黑木耳所含的發酵和植物鹼，具有促進消化道與泌尿道各種腺體分泌的特性，並協同這些分泌物催化結石，滑潤管道，使結石排出。 同時，黑木耳還含有多種礦物質，能對各種結石產生強烈的化學反應，剝脫、分化、侵蝕結石，使結石縮小，排出。對於初發結石，保持每天吃1~2次黑木耳，疼痛、惡嘔等症狀可在2~4天內緩解，結石能在10天左右消失，對於較大較堅固的結石，其效果較差，但如長期食用黑木耳，亦可使有些人的結石逐漸變小變碎，排出體外。常吃黑木耳，還能預防血栓等症的發生。 木耳營養豐富，易於製作，是人們公認的美味佳餚。但是，並非多食多益。據《本草經》載，“木耳多生溼地之朽木，味甘、性平、有小毒，生槐樹、桑樹者為上品，生楓樹者不可食。赤色仰生者有毒，採回變色、夜視有光、爛不生蟲者亦有毒。”中醫認為，由於木耳得陰溼之氣，由朽木所生，故有衰精腎之害。精為人生之源，精衰則源截；腎為先天之本，腎衰則本斷。因此，木耳不可不食，但又不可多食，特別是孕婦、兒童食用時更應控制數量。